万方查重和知网查重在原理和使用方法上有一些差异。首先，万方查重是基于万方数据库的文献查重工具，主要针对学术论文的查重，其算法较为严谨，可以有效检测出文献的相似度和重复率。而知网查重则是知网公司推出的一款文献查重软件，也是针对学术文献的查重工具，其算法也经过了多次优化和改进，能够较为准确地检测文献的相似度。在使用上，万方查重通常需要购买相应的服务或使用机构账号，而知网查重则有免费试用和付费版本。因此，用户可以根据自己的需求和预算选择合适的查重工具。

此外，万方查重和知网查重在使用技巧上也有一些区别。在使用万方查重时，用户需要上传待检测的文献，并设置相似度阈值和排除引用等参数，然后等待系统检测结果。而知网查重则可以通过上传文献或者直接粘贴文本进行查重，用户可以根据自己的习惯选择合适的方式。另外，知网查重还提供了批量查重和对比查重的功能，方便用户进行大规模文献查重和多篇文献的对比分析。总的来说，万方查重和知网查重都是比较可靠的文献查重工具，用户可以根据自己的需求和习惯选择合适的工具进行使用。